22. travnja 1500. portugalski moreplovac Pedro Alvares Cabral slučajno je otkrio Brazil - veliku zemlju neslućenih potencijala. Time je započela povijest zemlje koja će postati najveća i najvažnija država Latinske Amerike i jedna od najvažnijih sudionica svjetske trgovine. Nakon što se dogodilo otkriće Amerike 1492. europskim istraživačima otvorila se mogućnost da iz Karipskog mora na sjeveru Južne Amerike otkriju morske puteve prema jugu i Brazilu. Međutim, to se ipak nije dogodilo pa je Brazil otkriven na drugi način.
Naime, Portugalci su krajem 15. stoljeća intenzivno radili na širenju svojih kolonija u Africi i Aziji. 1498. portugalski moreplovac Vasco da Gama otkrio je morski put prema Aziji i Začinskim/Molučkim otocima putem plovidbe uz sami jug Afrike odnosno pokraj Rta dobre nade. Portugalski je kralj, nadajući se da će iskoristiti ovo otkriće, poslao flotu za Indiju pod zapovjedništvom Pedra Alvaresa Cabrala čije je upute za plovidbu sastavio sam Vasco da Gama. Kako bi izbjegao nemirni Gvinejski zaljev, Cabral je otplovio toliko zapadno da je ugledao istočnu obalu Južne Amerike.
Ugovorom iz Tordesillasa iz 1494. određena je linija razgraničenja između Španjolske i Portugala u Novom svijetu koja je išla linijom 46. meridijana. Sve zapadno od te crte pripadalo je Španjolskoj, a sve istočno Portugalu. Regija koju je ugledao Cabral bila je smještena duboko u portugalskoj zoni i Portugalci su je odmah prisvojili. Portugalci su novom posjedu inicijalno dali ime Vera Cruz (Pravi križ), ali je uskoro preimenovan u Brazil zbog obilnih količina brazilskog drva (pau-brasil) koje je davalo vrijednu crvenu boju.
Cabralovo otkriće izazvalo je euforiju na portugalskom dvoru koji je počeo sponzorirati velika transatlantska putovanja, uključujući putovanje talijanskog moreplovca Ameriga Vespuccija čija je malena flota po prvi puta oplovila cijeli Brazil i prvi puta utvrdila razmjere veličine novog posjeda. Međutim, u sljedeća dva desetljeća opao je interes za Brazil kod Portugalaca. Oni su nepovezano trgovali s tamošnjim domorocima za drvo, ali nisu pronašli dragulje ili zlato pa su se okrenuli trgovini s Azijom. Brazil je postao vrsta ničije zemlje koju je svojatao Portugal, ali su i drugi Europljani upadali. Francuzi su npr. ignorirali portugalska prava i izvozili su drvo iz Brazila u Europu. No, tijekom vladavine portugalskog kralja Johna III. između 1521. i 1557. postupno se opet pažnja vratila na Brazil.
Portugalski kraljevi nisu imali dovoljno financijskih i drugih sredstava na raspolaganju kako bi efikasno kolonizirali novootkrivenu zemlju pa su se složili s uporabom kapetanskog sustava kojeg su već ranije provodili na Azorima, Maderi i Zelenortskim otocima. Putem kapetanskog sustava brazilska obalna područja 1533. podijeljena su s 15 paralelnih linija. Unutar njih je bilo smješteno 15 nasljednih kapetanija koje je portugalski kralj dodijelio kapetanima, tj. osobama koje su se obvezale kako će vlastitim sredstvima kolonizirati, razvijati i braniti svoje kapetanije. To su bili najčešće osobe s dvora ili druge osobe koje je kralj favorizirao (donatarios). Kao i cijeli portugalski kolonijalni imperij, tako je i sustav kapetanija u Brazilu nastao ujedinjavanjem trgovinskih i feudalnih oblika. Ali samo su dvije kapetanije bile potpuno uspješne: Sao Vicente (suvremeni Sao Paulo) i Pernambuco.
Kralj John III. je odlučio osnažiti svoju vlast u Brazilu kroz unifikaciju neučinkovitih kapetanija. Kralj je imenovao plemića Tome de Sousu s velikim iskustvom u Indiji i Africi da bude glavni administrator u Brazilu. On je stigao u Brazil 1549. te je osnovao Salvador (Bahiju) koji je bio prijestolnica 214 godina. Budući da se dotadašnji sustav uprave pokazao neprikladnim, 1549. napravljena je reforma koja je kapetane zamijenila guvernerima. Uz to, Sousa je učvrstio strateške točke uz obalu. Tada su počeli dolaziti europski imigranti u velikim brojkama.
U prvoj polovici 16. stoljeća brazilska ekonomija se zasnivala na drvu, a nakon toga je krenula orijentacija na šećernu trsku. Kapetanije Pernambuco i Bahia postale su glavne nositeljice proizvodnje šećera koja se zasnivala na velikim plantažama (fazendama). Pri tome se uvelike koristio robovski rad. S obzirom kako malobrojni pokoreni i zarobljeni Indijanci nisu bili radna snaga efikasnog karaktera, vlasnici plantaža su u sve većem broju na svoja imanja i plantaže počeli dovoditi crne robove iz Afrike. Do 1600. Bahia i Pernambuco imale su svaka populaciju oko 2000 Europljana i još toliko afričkih robova i Indijanaca. 1653. Indijanci su doživjeli oslobađanje od ropstva. Portugalska kruna je pozitivno gledala na rad misionara jezuita koji su nastojali zaštiti preobraćene Indijance na kršćanstvo, ali zbog pritiska plantažera portugalski imperij vodio je kompromisnu politiku koja nije odgovarala niti jednoj strani.
U 16. i 17. stoljeću portugalski Brazil trpio je napade, upade i povremenu okupaciju od strane Francuza i Nizozemaca koji su nastojali uspostaviti svoje kolonije. Portugal je između 1580. i 1640. bio u savezu sa Španjolskom što je motiviralo španjolske neprijatelje da napadaju Brazil. Za vrijeme kada je portugalska kruna bila pod kontrolom Španjolaca, trgovina s Brazilom je bila dopuštena jedino Portugalu što nije bilo trgovinsko efikasno.
Jedan od najznačajnijih procesa u kolonijalnom razdoblju Brazila bila je ekspanzija na zapad južnoameričkog kontinenta. Ugovor iz Tordesillasa zabranio je Portugalcima prelazak 46. meridijana ali se teritorij Brazila proširio daleko zapadnije od te crte. Širenje su predvodili misionari, stočari i bandeirantes (istraživači i lovci na robove). Misionari su se širili duž rijeke Amazone na jugu i jugoistoku, a na sjeveroistok u unutrašnjost su se širili stočari kako bi pronalazili nove pašnjake te su tako kolonizirane sadašnje države Piaui, Maranhao i Goias. Bandierasi su u pohodima na indijanske robove išli daleko u unutrašnjost sve do srebrom bogate pokrajine Alto Pero (današnja Bolivija) i daleko na sjeveroistok sve do Bogote u Kolumbiji. U 17. stoljeću istražili su divljinu pokrajine Mato Grosso te su se sukobili s misionarima u španjolskim dijelovima kontinenta sve do današnjeg Urugvaja.
U vrijeme unija Španjolske i Portugala, politika Madrida i Lisabona prema kolonijalnim područjima bila je određena i ujedinjena kreiranjem Vijeća Indija (Conselho de India) 1604. Ovlasti vijeća je 1736. preuzelo ministarstvo za pomorstvo i prekomorske posjede koje je po kraljevoj naredbi imenovalo kolonijalnu administraciju. Kraljevski dužnosnici su administraciju nadzirali i provjeravali, ali je ona i dalje bila neučinkovita, korumpirana i spora.
Poštovani, za čitanje cijelog ovog teksta morate biti pretplatnik.